目前乙肝治疗可能存在一个误区，那就是是一味追求乙肝病毒指标的转阴，费了千辛万苦乙肝治疗换回的病毒指标转阴，未必是好事。相反，临床上常可见到一些患者，经过长期治疗，乙肝“大三阳”终于转为“小三阳”，然而这种转变往往导致病情恶化。
尤其是部分患者，经过乙肝治疗，不但“大三阳”转为“小三阳”，接着乙肝病毒表面抗原也转阴。但是，患者的病情非但没有好转，反而出现了恶化，不少肝硬化晚期患者，甚至于部分肝癌患者，化验检查发现乙肝病毒表面抗原、e抗原都是阴性，只有核心抗体为阳性，这些患者去世后进行的尸检，肝组织中依然发现了复制状态的乙肝病毒DNA。
乙肝治疗后抽血化验只能反映血液中病毒被清除或抑制的程度，并不能完全代表或反映出肝脏内部的实际情况。抽血化验只是从一个侧面了解肝脏情况，结果的真实性和可靠性远远不及肝组织学检查获得的第一手资料。这些乙肝转阴的约半数的患者肝损害仍存在并持续发展，这是由于乙肝病毒发生变异所致，变异后可能使得乙肝病毒变异株逃脱宿主免疫监视，而得以继续生存繁衍并可酿成严重后果。
目前，全世界对乙肝都没有很满意的治疗方法，而一些非法医疗广告一般都鼓吹“大三阳”转“小三阳”，“小三阳”全部转阴。在现阶段，尚无一种治疗手段具有“治愈”或“根除”慢性乙肝的功效。乙肝患者们一定要提高警惕，治疗乙肝一定要去正规的医院、制定适合自己的治疗方案。
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