对于慢性乙肝患者第一种过程是炎症反复活动，多数是肝纤维化逐渐增多，病变进展；也有免疫逐渐增强的患者，最后能够自然恢复。两种结局都与炎症程度相关：如调查乙肝患者的血清HBeAg清除，观察12个月，谷丙酶<正常值2.5倍的患者不到10%HBeAg清除、相当于谷丙酶正常值2.5～5倍的患者有10%HBeAg清除、>正常值5倍的超过40%的患者HBeAg清除;相反，肝纤维化加重的程度也与谷丙酶的水平成正比。实际上当前完全不治疗、听其自然发展的患者不多，用一些降酶药，甚至用过干扰素，总会对恢复有所帮助吧。其实在评估干扰素的效果时，应考虑相当比率的自发性“大三阳”清除，干扰素的治疗效果，实际上只是在自发性HBeAg清除基础上的提高。
第二种过程是炎症急性加剧：由于某些原因，有些患者病情突然加重，血清转氨酶升高到正常值的10倍以上、甚至出现黄疸，极度疲乏、恶性呕吐。经过住院治疗逐渐恢复，此时血清病毒可能检不出，“大三阳”可能也转阴。有人以为某些降酶药也能抗病毒，实际是大量复制病毒的肝细胞被破坏，病毒也被清除掉。等到炎症逐渐控制，血清转氨酶逐渐降低，此时多数人血清病毒还会逐渐增高。但也有少数人炎症活动后抗病毒免疫建立，而最终病情缓解。
第三种过程是经过漫长的岁月，在不知不觉中自然恢复的；但也有经过漫长的岁月，在不知不觉中发生肝硬化的。研究发现，感染年龄越小，形成持续性感染、成为慢性乙肝病毒携带者或慢性乙肝病人的几率越大。如果是围产期通过母婴垂直传播造成的感染，又未采取任何阻断措施，则将会导致大部分婴儿在将来成为慢性病毒携带者或慢性乙肝病人。不管是慢性乙肝病毒携带者还是慢性乙肝病人，体内病毒自然阴转的可能性都很小，即使再加上药物、免疫压力等因素的作用，其E抗原阴转的几率也不过在10%-30%之间，表面抗原阴转的可能性更小，低于10%，核心抗体几乎不阴转。即使出现了E抗原阴转，还要区分是自然阴转还是变异阴转(这种区分非常困难)，因为E抗原的变异阴转并非好事，这种变异可使乙肝病毒逃避免疫监视，从而影响肝炎的预后。当然，自然阴转比较理想，可使宿主传染性降低或消失，病情趋于稳定。
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