免疫疗法是病毒感染的重要乙肝治疗手段，通过刺激人体的免疫系统，抑制病毒复制，达到控制病情的目标。干扰素(Interferon)是HBV治疗常用的免疫调节剂，分为IFNα、IFNλ和IFNγ，采用注射给药，药效的个体差异性较大，一般来说年轻人的使用效果要优于中老年人，但存在较多的副作用，如腹胀腹痛、恶心呕吐，还可能诱发抑郁，而且价格也较高，长效干扰素一个疗程可能需花费数万元。除干扰素外，胸腺素也是常用的一类HBV免疫调节治疗药物。
除了采用细胞因子(干扰素和胸腺素)的乙肝治疗手段外，抗病毒药物也是HBV治疗的重要手段。目前获批的HBV抗病毒药物主要有五个，拉米夫定是最先获批的HBV抗病毒药(1995年上市)，是一种逆转录酶抑制剂，能够有效降低血清中的DNA拷贝数，但是需要长期用药，而且易反弹，即使短期用药也容易产生耐药性。
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