窗口期，是指病毒感染人体后，尚未引起人体免疫系统的"重视"尚未产生抗体的时期。丙肝病毒属于RNA病毒，非常容易变异。在人体感染病毒后但尚未产生抗体前的一段时间会有一个“窗口期”，那在"丙肝窗口期"，即使病人已感染了病毒，但由于针对病毒的抗体并不稳定，所以检查抗病毒的抗体的结果却是阴性，容易造成漏诊。
丙肝潜伏期：感染后临床表现一般较轻，常为亚临床型，但输血后感染的潜伏期一般为20天到6个月，也有资料报道2－26周，平均8周。急性感染丙型肝炎病毒后1～3周，输血感染者潜伏期较短为7~33天，平均19天。也有专家指出丙肝潜伏期最高可达20年之久。在此期间它几乎没有任何征兆。不过，无症状并不代表它没有杀伤力。若不及时诊治，6个月后约有75％-85％的丙肝患者会演变为慢性丙肝，其中有10％-30％的患者可能在患病20年左右发展为肝硬化，甚至有3％-10％会演变为致命的肝癌。
相对于抗体出现的比较晚，丙肝核心抗原的出现时间远远早于抗体出现时间，人感染HCV到产生抗-HCV的平均时间约60d，这也就是抗-HCV的窗口期。但HCV核心抗原于HCV感染后12～15d即可检测到，较抗-HCV出现提前5～7周。Peterson等报告，HCV核心抗原的出现时间仅较HCV RNA晚1d。因此，HCV核心抗原筛查可用于HCV感染的早期诊断。
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