免疫检查点抑制剂常见的副作用包括皮肤和胃肠道的炎症反应。大约10%-20%使用PD-1或PD-L1治疗的患者、30%使用过伊匹单抗的患者以及50%-60%使用伊匹单抗联合PD-1的患者出现过中重度副作用。
对于皮肤反应，通常首先采用外用皮质类固醇。对于严重的胃肠道反应，治疗一般包括口服皮质类固醇。根据严重程度以及患者对口服皮质类固醇的反应，可能还需要其它免疫抑制药物。
许多研究表明，使用免疫抑制治疗免疫疗法的副作用不会降低疗效。不过，垂体炎的治疗需要格外注意。一项研究使用皮质类固醇药物治疗垂体炎副作用的试验表明，皮质类固醇药物剂量越大，免疫治疗效果越差。其他试验没有发现类似的联系，不过有研究仍在进行。
有一些罕见但是可能很严重以及/或者会永久存在的副作用值得患者特别注意。患者可能出现胰岛素依赖型糖尿病，这是胰腺的炎症反应导致的；其他可能的副作用包括严重的心肺感染，发生率很低，不到1%，但有可能致命。
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