对于确定为ALK阳性的肺癌患者是幸运的，因为针对ALK的靶向药有效率超高，副作用不大。此类患者首选治疗方案为克唑替尼，入脑性不强。如果出现耐药，可以进行基因检测看看是不是出现二次突变，最常见的是 L1196M 突变，ALK 拷贝数增加，以及新的驱动基因出现（如 EGFR 和 KRAS 突变）等。耐药后可以考虑二代ALK抑制剂艾乐替尼或色瑞替尼或布加替尼。
色瑞替尼是第二代的 ALK 抑制剂，可用于初治的或克唑替尼治疗失败的 ALK 阳性肿瘤。其对初治和克唑替尼治疗失败的患者的 ORR 分别为 66% 和 55%。最近，美国药品食品管理局（FDA）批准色瑞替尼用于 ALK 阳性的转移性非小细胞肺癌和克唑替尼治疗失败的非小细胞肺癌患者。
在另一项临床试验里， alectinib（艾乐替尼）治疗 ALK 阳性的初治患者，ORR 可达惊人的 93.5%。Brigatinib是一种新型的ALK和EGFR双重抑制剂，可强效抑制ALK的L1196M突变和EGFR的T790M突变。劳拉替尼（Lorlatinib）是靶向ALK的第三代药物，可抑制克唑替尼耐药的9种突变，对二代TKI药物耐药后仍有较高的有效性。
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