吡非尼酮在说明书中的推荐用法是从小剂量起逐渐加量，通过2周的剂量调整时间，第3周达到足量剂量。但是专家建议，为了改善患者的耐受性，考虑可以延长从初始剂量逐渐加量到足量的过程，例如，原来2周的剂量调整时间可以延长到1个月。譬如在第1周，每日3次，每次200mg。密切观察患者不良反应和用药耐受情况。如情况良好，第2周递增剂量，加量到每次400mg，每日3次，维持4周。考虑到可能的不良反应一般出现在治疗早期和患者耐受需要一个过程，建议1200mg/d维持4周。密切观察患者不良反应和用药耐受情况。如情况良好，第6周递增剂量，达到全剂量，每次600mg，每日3次，长期维持。建议吡非尼酮在三餐的餐中与食物同时服用，避免不良反应。
除了建议在餐中服用吡非尼酮之外，专家还建议如果患者为了更谨慎的预防胃肠道不良反应，可以考虑把每次服用的剂量在一次就餐中分数次服用，譬如一次需要服用6粒，在餐中分3次，每次2粒，而不是1次将6粒药同时服用。临床前动物研究表明，分开服用可以部分缓解吡非尼酮对胃动力的抑制。这一点在一项吡非尼酮临床研究中也被证实，该研究在刚开始用药时鼓励患者在用餐的开始、中间和结尾分次服用吡非尼酮，使不良反应最小化。
如果吡非尼酮的不良反应不能耐受，减量使用会有帮助。考虑到不良反应的程度，可以将吡非尼酮的剂量从1800mg/d减到1200mg/d，用餐时服用。待不良反应耐受后逐步回升到每天足量剂量。临床前研究表明吡非尼酮会减少胃排空和小肠转运，并存在剂量依赖。另外，专家建议，如果需要减少剂量，首先减少出现不良反应最明显相应时间段的用药剂量。例如，早上出现恶心，那就延迟或减少早上吡非尼酮的剂量，可以减轻胃肠道不良反应。在给患者用药建议时需要考虑到患者的饮食文化习惯。
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