肺腺癌和肺鳞癌处理组织学类型不一样以外显著的差别就是治疗方案。对于腺癌患者来说，他们可以选择的治疗方案非常多。除了有传统的含铂方案及培美曲塞以外，针对有EGFR突变或者ALK、ROS1和C-MET等突变的患者还有效果显著的靶向药物治疗。然而对于肺鳞癌患者来说，目前除了传统的化疗方案以外，可以选择的治疗方案十分匮乏。
虽然已经有研究发现不少肺鳞癌的潜在靶点，然而与腺癌相比仍然有着巨大差距。在几项大型的临床研究中（如BR.21），研究者们发现对于进展期的肺鳞癌患者来说，使用EGFR-Tki作为二线治疗或维持治疗的方案能有效的改善患者临床结局。一项开放标签、III期多中心的随机对照试验结果显示：
阿法替尼组患者的OS要优于厄洛替尼组患者（7.9个月vs 6.8个月）。PFS仍然是阿法替尼组优于厄洛替尼组（2.6个月vs 1.9个月）。疾病控制（CR、PR和SD患者的总数）方面，阿法替尼组也由于厄洛替尼组（201/398（51%）vs 157/397（40%），p=0.002）。
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