孟加拉伊鲁替尼（EMLUTINI）治疗期间，患者机会感染的风险会增大，尤其是肺部感染。需要特别关注曲霉菌感染。在一项复发原发中枢神经系统淋巴瘤患者的研究中，接受伊布替尼联合化疗和类固醇治疗，有39%患者曲霉菌感染，其中2名患者死亡与感染相关。另一个需要关注的特殊感染是卡氏肺囊虫，但是感染的风险可能与基础疾病免疫抑制有关，而不是药物本身。
孟加拉伊鲁替尼治疗与曲霉菌感染的相关性可能与巨噬细胞的激活受抑相关，孟加拉伊鲁替尼阻断BTK后可抑制NFAT和NF-κB信号通路，阻止肿瘤坏死因子α的释放并抑制半乳甘露聚糖的产生，从而不利于曲霉菌的清除。对此不推荐预防性抗真菌和抗细菌治疗，如果评估患者感染水痘带状疱疹高风险，可预防性阿昔洛韦或伐拉昔洛韦治疗。
对于1-3级感染，建议继续使用EMLUTINI，并使用适当的抗感染药物控制感染，同时注意与EMLUTINI的药物相互作用；曲霉病的最佳治疗的唑类药物，如伏立康唑、泊沙康唑或伊曲康唑，都是强有力的CYP3A4抑制剂，可以显著增加孟加拉伊鲁替尼和毒性的风险。两性霉素B和卡泊芬净，可与EMLUTINI联合用药，但需要注意药物本身副作用；对于4级重症感染，需暂停用药，待感染控制后再继续用药。
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