糖尿病。慢性HCV感染者的糖尿病发生率高于普通人群。多项研究均证实，非肝硬化HCV感染者中2型糖尿病的患病率高于HCV阴性组和HBV感染组。HCV可能通过免疫介导机制导致糖代谢异常，有效抗病毒治疗能够改善糖代谢，提示HCV在胰岛β细胞功能障碍中扮演重要角色。亦有研究发现部分患者接受IFN治疗可诱发胰腺自身免疫，出现血糖异常。因此，慢性丙型肝炎患者在抗病毒治疗期间应注意检测血糖。
甲状腺疾病。HCV感染易合并器官特异性的自身免疫性疾病，较常见的为自身免疫性甲状腺炎。早期研究认为HCV感染可能与甲状腺癌有关，新近发表的1篇系统回顾则认为二者无确切关联。HCV 感染者中甲状腺自身抗体阳性率达42%，自身免疫甲状腺炎患者中HCV抗体阳性率亦远高于非毒性甲状腺肿（11.6% vs 2.3%）。其发病机制可能与甲状腺和免疫系统相互作用中的自我识别机制障碍有关。
HCV可直接感染人甲状腺细胞系，通过多种炎症机制诱发甲状腺自身免疫。IFN治疗可诱发或加重甲状腺功能不全，因此HCV感染者接受IFN治疗是发生自身免疫性甲状腺的危险因素。故HCV抗病毒治疗禁用于未经控制的甲状腺疾病，抗甲状腺抗体阳性但无临床表现的患者也是抗病毒治疗的相对禁忌证。治疗期间应定期监测甲状腺功能。DAAs对HCV感染者甲状腺功能影响的相关研究有限。
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