伊马替尼（格列卫）辅助治疗胃肠道间质瘤术后复发，但并不是每个患者都会有效，如何预测伊马替尼的疗效呢？据了解，大约有60%左右的胃肠道间质瘤患者存在C-KIT基因的突变，5%-10%的患者存在PDGFRA基因的突变，C-KIT和PDGFRF两种基因同时突变的情况较少。C-KIT基因的突变主要发生于外显子9， 外显子11，外显子13，和外显子17，而PDGFRA基因的突变则主要发生于外显子12，外显子18。
根据临床上大量试验数据显示，胃肠道间质瘤患者c-kit基因11号外显子突变以及PDGFRA基因突变（非D842V突变）的患者可从伊马替尼辅助治疗中获益，而c-kit基因9号外显子突变、PDGFRA基因D842V突变、c-kit基因和PDGFRA基因野生型患者不能从伊马替尼辅助治疗中获益。
效果最好的c-kit基因为11外显子突变，一般患者可服用伊马替尼3年以上才产生耐药，其次是9外显子突变，服用伊马替尼时间为2年左右，而13和17外显子突变服用伊马替尼效果一般，通常治疗一年左右会失效。PDGFRA基因突变（非D842V突变）较PDGFR基因（D842V突变）的患者来说，对伊马替尼具有显着的生存受益。而c-kit基因和PDGFRA基因均未突变的患者，服用伊马替尼的效果很差，或者根本没有任何效果。
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