尽管印度格列卫对CML患者有很好的治愈率，但还是有部分患者出现格列卫耐药或者初步治疗后复发。那导致印度格列卫治疗后复发的原因是什么呢？常见的耐药机制包括胞内药物浓度下降，BCR-ABL 激酶域突变，BCR-ABL 基因扩增和过度表达和克隆过程中激活的另外的转化途径。此外，最近发现BCR-ABL 基因中从8 号内含子到C 末端有35bp 片段插入。
格列卫的治疗敏感性依赖于胞内药物浓度。OCT-1 活性是患者经格列卫治疗后是否能达到分子学缓解的重要决定因子，并且可以很好的预测用药剂量。虽然格列卫耐药是多因素造成，但BCR-ABL 激酶域点突变是继发性或获得性耐药的最常见原因，但在慢性阶段却很少发生。
最近发现Src 家族中的LYN 激酶能调节印度格列卫治疗CML 的敏感性，并且在经过格列卫治疗失败并没出现BCR-ABL 突变情况的患者体内发现持续的LYN 激酶活性。这提示在有高LYN 激酶表达的细胞中，如果能联合使用针对BCR-ABL 和LYN 激酶的药物或许对克服格列卫耐药有帮助。
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