和传统的放化疗以及手术治疗相比，免疫疗法治疗的副作用更加多样化，虽然普遍来说副作用都较轻，但是其中依旧有几种可危及生命。相对于其他副作用而言，结肠炎的发生率是最高的，大约在25%的CTLA-4抗体治疗患者中出现，同时抗PD治疗的患者中也有接近5%（比5%略低）的患者会出现该类症状。
大部分结直肠炎患者（90%以上）出现的症状是水样腹泻，部分患者会出现腹部不适和小消化道出血，如果不及时治疗的话可能会导致严重的脱水和肠穿孔。
轻度至中度结肠炎（相对于基线每天增加6次大便）可以通过水合和止泻药物（例如洛哌丁胺）来控制。严重腹泻（每天相对于基线每天增加6次排便）或持续超过5至7天的轻度至中度病例需要高剂量类固醇（1-2 mg / kg / d）。对于腹膜征，脱水，电解质紊乱或非常频繁（> 10-15天/天）的排便患者，应考虑静脉注射类固醇和入院。
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